질문자님이 별거후에 모으신 자금으로 집을 장만하신다면 separate property로 50/50 원칙이 적용되지 않습니다. 그러나 만약 community property가 집 장만에 들어갔다면 남편분이 community에 대한 권리를 주장하실 수도 있습니다.
말씀하신대로 서류 (협의서 marital settlement agreement를 칭한 것으로 해석)에 그 집을 질문자님의 separate property로 규정함이 차후 문제 방지에 바람직합니다.