본인께서 거주하고 계신 주의 법에 따라 다르겠지만, 일반적으로 이미 혼인신고를 하셨으므로 결혼을 하신것으로 등록이 되셨기 때문에, 이혼절차를 밟으셔야 될듯 싶습니다. 하지만, 두 분께서 이미 합의를 하셨고 공증하신 협의서가 있으시므로, 복잡한 절차 없이 빠른시간내에 해결되지 않을까 싶습니다. 해당 관할 법원 웹사이트 나 직접 방문하셔서, 법원의 도움으로 두분이 작성하신 공증한 협의서를 바탕으로 이혼소송을 진행하셔도 괜찮을듯 싶습니다.
제 조언이 조금이라도 보탬이 되셨기를 바랍니다.